Il consorzio IPDGC esamina i progressi degli ultimi dieci anni nello studio dei meccanismi genetici relativi al morbo di Parkinson.
di Lisa Ovi
In occasione del decennale della sua fondazione, l’International Parkinson Disease Genomics Consortium (IPDGC), ha pubblicato su Journal of Parkinson’s Disease un’analisi dei progressi compiuti nello studio della genomica relativa al morbo di Parkinson e disturbi correlati. L’analisi propone anche le priorità della ricerca per il prossimo decennio.
Nel giugno 2009, un piccolo gruppo di ricercatori creò il IPDGC, un consorzio dedicato allo studio delle componenti genetiche del morbo di Parkinson. “L’IPDGC nasce dalla consapevolezza che per sfruttare al massimo le promesse della genetica moderna serve un atteggiamento di grande collaborazione tra i ricercatori coinvolti”, ha spiegato l’autore principale Andrew Singleton, PhD, Laboratory of Neurogenetics, National Institute on Aging, National Institutes of Health, USA.
L’analisi coordinata dei dati ottenuti da studi di associazione genome-wide (GWA) si è focalizzata sulle genotipizzazioni SNP genome wide di membri dell’IPDGC e gruppi di controllo provenienti da Stati Uniti, Canada, Inghilterra, Galles, Paesi Bassi, Francia, Germania, Italia, Spagna, Austria, Finlandia, Norvegia, Estonia e Australia . La collaborazione ha coinvolto non solo membri dell’IPDGC, ma anche gruppi industriali come Genentech e 23andMe. Sono stati analizzati oltre 50.000 casi, a fronte di circa 1,4 milioni di controlli. Lo studio ha individuato circa 90 varianti di rischio associate al Parkinson.
La collaborazione tra i membri dell’IPDGC ha portato a svariate scoperte, come il fatto che, a differenza di quanto osservato nel morbo di Alzheimer, nel caso del Parkinson è il tessuto cerebrale, e in particolare i neuroni della substantia nigra, a svolgere un ruolo fondamentale nel processo della malattia.
I database genetici a disposizione dell’IPDGC (attualmente contenenti oltre 20.000 casi di malattia e 20.000 controlli) hanno reso possibile progressi sulla possibilità di prevedere la malattia, l’assegnazione di funzioni biologiche ai loci identificati grazie agli studi di associazione genome-wide, e la scoperta di potenziali pathway rilevanti al progresso del morbo. Studi condotti utilizzando metodi di stima dell’ereditarietà come il Genome-wide Complex Trait Analysis (GCTA) e il Linkage Disequilibrium Score Regression (LDSC), hanno rilevato che per il 16-36%, lo sviluppo del morbo è dovuto a variabili genetiche comuni.
Alla collaborazione tra i membri dell’IPDGC si devono anche:
– L’identificazione di nuovi geni e pathway associati al morbo di Parkinson. I ricercatori hanno potuto, per esempio, attribuire la causa dell’insorgenza giovanile del Parkinson a mutazioni della proteina VPS13C;
– La creazione di risorse per la ricerca come l’array di genotipizzazione dello sviluppo e un riepilogo dei risultati liberamente accessibile, nonchè reso comprensibile per i ricercatori di base. Sono già in fase di sviluppo un browser di sequenziamento IPDGC e un browser GWAS IPDGC.
Per il futuro, L’IPDGC si concentrerà sull’approfondimento di quanto già noto dell’architettura genetica del morbo e della genetica familiare. In particolare, con il sostegno della Fondazione Michael J. Fox per la ricerca sul Parkinson, il consorzio ha avviato iniziative di ricerca su vasta scala nel sud-est asiatico, in Cina e in Africa, per ampliare l’analisi del rischio genetico in popolazioni di origine non europea.
(lo)
